Al conquistar la ciudad de Huesca en 1096, los cristianos del Reino de Aragón encontraron, en el lugar que hoy ocupa el monasterio, un templo cristiano visigodo dedicado a San Pedro y que había sido utilizado durante el dominio árabe por los mozárabes de la ciudad (entonces llamada Wasqa). El templo fue apodado “el viejo” por estos cristianos recién llegados, nombre que ha perdurado hasta nuestros días.

El templo fue donado a la orden de los Benedictinos los cuales quisieron renovarlo y convertirlo en un monasterio acorde a los cánones estéticos de la época, es decir, lo que se denomina actualmente estilo románico. El comienzo de su construcción se sitúa en el año 1117, durante el reinado de Alfonso I el batallador y poco antes de la conquista de la ciudad de Zaragoza (1118).

El edificio tiene dos partes principales: la iglesia y el claustro. Su claustro rectangular está formado por arcos de medio punto y columnas dobles con elaborados capiteles (38 en total, 18 originales y el resto reproducciones del siglo XIX) que representan la vida de Jesús así como otras escenas de carácter alegórico e histórico. Este claustro tiene en su lado este varias capillas en desigual estado de conservación:

La Capilla de San Bartolomé o Panteón real. Aquí se encuentran los restos de los Reyes Alfonso I el batallador y su hermano y sucesor, Ramiro II el Monje. Este último se encuentra en un sarcófago romano del siglo II. Esta fue la sala capitular del monasterio.

La Capilla de Santa Ana y San José (siglo XIII). En la actualidad se encuentra cerrada.

Y la Capilla de San Benito (siglo XIII).

Las antiguas dependencias de los monjes (situadas en la zona oeste del claustro) se dedican hoy en día a albergar diferentes piezas de gran valor artístico e histórico del monasterio (piezas de orfebrería, pequeñas estatuas, etc.)